（一）财经法纪审计的流程
财经法纪审计的流程划分为立案、查证和定案三个阶段。
1、立案阶段
立案时，要注意以下几点：
   （1）对不同的违法乱纪行为要区别对待，突出重点。
   （2）要考虑时间界限。
立案时，审计机关应根据当时的实际情况，以当时的法律、作为衡量标准来考虑是否需要立案。立案依据的来源不同，立案的手续也有所不同。（1）对于审计机构在财务审计、经济效益审计中发现的案件，经上级批准后立案；（2）对于群众检举揭发的案件，核实后立案；（2）对于群众检举揭发的案件，核实后立案；（3）对于上级审计机关及其他部门转来批办的案件视同已经立案，无须再办立案手续。
2、查证阶段
查证阶段也叫取证阶段，这是开展财经法纪审计的关键阶段，是财经法纪审计中极为重要的一环。查证阶段的关键是搜集和整理真实有效、确凿可靠、有充分证明力的审计证据。查证阶段的工作依照下列三个步骤来进行：
（1）派员驻点。成立审计工作小组，进驻被审计单位。
（2）搜集证据
（3）整理所搜集的证据，做好编制报告前的准备工作。
1、  定案阶段
定案阶段是财经法纪审计的终结阶段。定案阶段的工作分为结案与处理二个过程。
（1）结案过程。结案过程要做好以下几件事情：
①根据案情，对可以计量的要计算所造成的经济损失，对不能计量的，要按社会危害，社会影响予以衡量。
②根据违反财经法纪情节的严重性，对照国家有关的法律、及标准，论定案件的性质。
③对于已造成的损失和危害，应根据具体情况落实责任。
④通过汇总，整理审计工作底稿和调查询问表等撰写审计报告书，做好结案过程的最后工作。
⑤审计人员撰写出审计报告后，应将审计结果通知被审计单位或违纪责任人，听取他们的意见。
（2）处理过程
审计报告经上级批准后，审计机关就要作出审计结论和审计决定，对严重违反财经法纪的行为进行处理，并交有关部门执行。
（二）财经法纪审计的方法
财务审计的许多方法在财经法纪审计中照样可以适用，但适用较多的是检查、查询及函证和分析性复核。具体采用哪种方法，可视被审计单位的不同情况加以灵活运用。同时，审计人员应结合多种使用方法，采取多种形式来取得确凿可靠的审计证据，不能拘泥于一种方法，一种形式。