部门审计是内部审计的另一种主要形式，它是政府机构主管部门内部建立的审计机构对所属单位和本部门财务收支和经济效益所进行的经济监督、评价活动。
开展部门内部审计有利于加强部门管理和控制。同时，部门审计对所属的单位进行审计有较强的独立性和权威性，又具有鲜明的行业特色。通过审计对整个部门的经济活动有指导意义。因此也有利于扩大审计的影响。部门审计机构可以对所属单位内部审计人员进行业务培训，组织交流，提供业务指导，有利于提高内部审计人员的素质。
部门审计在开展工作时，除了采用单位内部审计的方式外，还可根据部门审计的特点，采用部门调查、部门重点审计和整个部门审计等方式。
部门审计是一种内部审计，但针对单位内部审计而言，它具有外部审计的特征，它在审计的独立性、审计结论的权威性、客观性以及审计的组织方式等方面都与外部审计有相似之处。另外，部门审计的内容往往是综合的，并且可以通过一二个典型案例提高整个部门的工作，因此部门审计具有全面性和效益性的特点。部门审计可以在同一时间内对同一内容进行审计，审计结果的可比性较强，因此又具有统一性和专业性的特点。
部门审计随着其作用的发挥，必然会越来越重要。可以预计，作为联系国家审计与单位内部审计的桥梁，部门审计将成为我国审计监督体系中的一个独立的组成部分，发挥其更大的作用。